遺族年金受給者の複数口座間の損益通算について

遺族年金は非課税ですから、株式譲渡の損益通算だけで確定申告されたら良いと思います。
株式譲渡は、分離課税ですから損益通算をして申告すれば、税金が還付されます。
なお、通算後も損失がある場合には、3年間の繰り越し控除を受ける事ができます。

　所得が株式譲渡しかなければ、そこの部分について申告ということになります。プラスの口座とマイナスの口座があり、マイナスのほうが多ければ、2つの口座とも確定申告すれば、プラスの口座で源泉徴収されていた部分が戻ってくるということになります。また、通算後のマイナス残り分も翌年以降3年間繰越すことができるので、翌年以降、プラスが出た場合、その部分についても確定申告すれば、源泉徴収されていた部分が戻ってくるということになります。なお、以上のことからいうと、所得税、住民税とも確定申告したほうがメリットがあるということになります。
　
　ただし、注意点は国民健康保険料等の社会保障制度です。下記に福岡市ＨＰをリンクしておきますが、確定申告をすることによって、社会保障制度に影響を与える可能性がありますので、質問者さんのお住いの自治体に、まずは相談されると良いと思います。

　なお、国民健康保険料は住民税の課税の取り扱いに準ずるため、確定申告をして上場株式等の譲渡所得が発生する場合であっても、住民税の課税方法として申告不要制度を選択した場合は、保険料の算定対象となる所得には含まれません。ですから、場合によっては、所得税は申告分離課税、住民税は申告不要制度という形のほうがトクする場合もあると思います。この点につきましても、質問者さんのお住いの自治体に、まずは相談されると良いと思います。

外部リンク先

　福岡市ＨＰ「前年に株式の譲渡損失があったため確定申告をしており、今年は株式の譲渡所得が出たので、繰越控除の適用を受けようと思うのですが？市県民税などに影響はありますか？」
http://www.city.fukuoka.lg.jp/zaisei/zeisei/qa/FAQ4178_2.html

　福岡市ＨＰ「株式の譲渡所得や配当所得は、市県民税の申告が必要ですか？」
http://www.city.fukuoka.lg.jp/zaisei/zeisei/qa/FAQ4178_2_2.html

丁寧に説明して頂き、納得することが出来ました。
申告前に自治体に相談してみようと思います。有難うございました。