販売委託会社の支払調書での確定申告について

確定申告書は売上ベースで計上することになりますので、12月の売上、その売上に対応する源泉徴収税額（翌年1月に徴収される分）も今年の申告書に含めて申告するのが正しい処理と考えます。
本来、支払調書は確定ベースで作成する必要がありますが、支払ベースで作成している会社もありますので、支払調書とのずれはやむを得ないものと思います。

なお、細かい話ですが、上記申告書を作成し、所得税が還付になる場合（確定申告書の「㊺所得税及び復興特別所得税の申告納税額」の欄が赤字になる場合）、12月の売上に対応する源泉徴収税額を「未納付の所得税及び復興特別所得税の源泉徴収税額」欄に記載し、その分は別途還付手続き（「源泉徴収税額の納付届出書」の提出）が必要となります。

還付については、以下国税庁サイトの「未納付の所得税及び復興特別所得税の源泉徴収税額　第一表53」をご覧ください。その場合、実務的には、確定申告書と源泉徴収税額の納付届出書を一緒に提出すれば、還付金額の全額が１回で還付されます。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tebiki/2014/b/03/order5/3-5_01.htm

回答ありがとうございます。
今まで支払調書で申告していましたので、今回の確定申告ではズレを修正するため、支払調書分（昨年１２月から今年の１１月の売り上げ分）に１２月の売り上げ分をプラスして計上して問題ないでしょうか？
それと、未納付の所得税及び復興特別所得税の源泉徴収税額は別途申告との事ですが、１２月売上は未収でも合算するので、源泉も同じように合算すればよいと思っておりました。
具体的には１２月の売上データに記載されている源泉徴収額のみ別申告すると言うことでしょうか？（e-Taxを使用しているのですが、別途それ用の記入枠があるのでしょうか）

わかりづらい説明で失礼しました。以下補足します。

＞今回の確定申告ではズレを修正するため、支払調書分（昨年１２月から今年の１１月の売り上げ分）に１２月の売り上げ分をプラスして計上して問題ないでしょうか？
→同じ意味だと思いますが、支払調書ベースで考えると、今年2月分支払調書（売上は今年1月分）から12月分支払調書（売上は今年11月分）の合計したものに、今年12月分をプラスして計上することになります。

＞１２月売上は未収でも合算するので、源泉も同じように合算すればよい
→その理解で結構です。

＞具体的には１２月の売上データに記載されている源泉徴収額のみ別申告すると言うことでしょうか？（e-Taxを使用しているのですが、別途それ用の記入枠があるのでしょうか）
→e-Taxで入力する欄に、「収入金額」「源泉徴収税額」「未納付の源泉徴収税額」の項目がありますが、「収入金額」「源泉徴収税額」は上記１年分の売上、源泉税額の各々の合計額を記載し、12月売上に対応する源泉税を「未納付の源泉徴収税額」欄に入力します。
もし、所得税が還付となる場合、「未納付の源泉徴収税額」は、そのままでは還付されませんので、その場合には、別に「源泉徴収税額の納付届出書」を提出して還付を受けることになります。
たとえば、所得税の還付金額が100円で、そのうち、12月分の源泉徴収税額が20円だったとすると、確定申告書の提出で還付されるのは、80円（=100円-20円）となり、20円の還付を受けるには「源泉徴収税額の納付届出書」の提出が必要ということになります。

早速の回答ありがとうございます。
次の理解で合ってますでしょうか？
1月から１２月までの売上と源泉の合計が
売上129,600円　源泉徴収額13,224円であった場合、
このうち、１２月の源泉額が1,102円だったとすれば、e-tax上で
収入金額129,600円、源泉徴収税額13,224円　未納付の源泉徴収税額1,102円
と、入力し、1,102円の源泉徴収税額の納付届出書を別途e-taxで申請する。

それにしても、未納付分を記載しなければ一緒に還付されて税務署の処理も楽と思うのですが・・・。
私のような初心者なら、未納付と思わなくて、そのまま無記入で申告してしまいそうです。

はい、そのご理解で結構です。ただ、源泉徴収税額の還付がないようであれば、「源泉徴収税額の納付届出書」の提出は不要ですので、念のため。

実務的には申告書に未納付額を記載せず、通常に還付を受けているケースも多いのではないかと想像していますが、税理士という立場上、それで良いとも言えませんので、ご了承ください。

すみません、申告月のズレの修正の件ですが、自分の理解では今年に限り支払調書の額に１２月分をプラスして１３か月分の売上を計上しようと考えておりました。（そうしないと、昨年の１２月売上が申告漏れになってしまうため）
また、こちらのサイトで同じような質問が他にないか検索していたのですが、
https://www.zeiri4.com/c_5/q_13184/
こちらの回答では、確定申告時期に既に源泉徴収済みであるなら、未収部分の記入は必要ないと答えている先生がいました。（確定申告は2月ごろですので、１２月分なら１月末には徴収されているはずですので。）
こちらの話と同じ状況だと思うのですが、何か違いありますでしょうか？

13ヵ月分の売上のところは気づいておりましたが、あえて指摘しませんでした。本来は前年分の修正申告が必要なところですので、実際にどう対応するかは相談者様でご判断頂ければと思います。

未納付源泉税のところですが、本来、支払調書は、支払ベースではなく、発生ベースで作成されますので、正しく作成されたとすると、報酬額、源泉徴収税額が、以下の国税庁ＨＰの一番下に記載のある支払調書のように二段書きになります。上記の金額が年末時点で、未払・未納付となっている金額になり、相談者様の12月分の売上・源泉徴収税額に相当します。
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hotei/tebiki2016/PDF/05.pdf

「源泉徴収税額」が二段書きされている場合に、その上段にある金額を「未納付の源泉徴収税額」欄に入力することになります。
以下国税庁サイトは給与所得の入力方法の記載方法の説明ですが、同じ処理になると考えています。そうすると、先ほど記載した内容になっていきます。
https://www.keisan.nta.go.jp/h27yokuaru/shotokuzei/shotokukingaku/kyuyoshotoku/gensenzeigakuuchi.html

税務署としては、「源泉徴収税額の納付届出書」を見て、実際に給与等がいつ支給されたかを確認して還付する、という流れだと思います。

まあ、そうは言っても、実務的にはどうするか、というところで対応が分かれているということかもしれません。

詳しい回答をありがとうございました。