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年末調整後に源泉徴収票に誤りがあった事が発覚しました。修正申告の行い方を教えて下さい。

2019年3月にA社退職
2019年6月からB社入社
2019年にB社にて年末調整を致しました。
毎年17,000円前後の年末調整還付があるのですが、今回年末調整徴収が発生いたしました。
B社の経理に問い合わせた所、A社退職時にもらった源泉徴収票が違っているとの事でした。
確認した所、通常1月~3月分なので、「支払金額」「源泉徴収税額」「社会保険料等の金額」のみ金額が記載されるのですが、「給与所得控除後の金額」「所得控除の額の合計額」にも金額が入っていました。
A社に問い合わせた所、正しい源泉徴収票を出すので確定申告してください。とのことでした。
A社の正しい源泉徴収票とB社の源泉徴収票で確定申告の入力をした所、納める税金が出てしまいました。
還付を受けるには、どの様にしたら良いのでしょうか?
よろしくお願いいたします。

税理士の回答

 B社の源泉徴収票には、以前提出したA社の源泉徴収票の金額が含まれている可能性があります。そのため、納税額が算出されたと思われます。
 
 B社に対し、正しいA社の源泉徴収票を提出し年末調整をし直してもらうことになります。
 その結果、徴収⇒還付 となった場合は、B社から還付を受けますがB社は「誤納還付請求書」を税務署に提出することになります。
 
 B社にとっては、手数がかかることになります。
 また通常、再年末調整で「還付」となる場合は、1月中となっているため念のため、B社は所轄の税務署に相談したうえで「誤納還付請求書」の書き方や添付資料の指導を受けた方が良いと思われます。
 なお、B社は「給与支払報告書」の訂正版を貴方のお住いの「市町村」に提出することにもなります。
 

本投稿は、2020年03月08日 10時45分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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