株で損失が出たら、今までその都度引かれていた所得税が全部戻るのですか。

ご記載の通り、複数の特定口座を合算した譲渡所得が損失となっており、そのうち利益が出ている口座で源泉徴収されているのであれば、確定申告をすることで、譲渡益が出ている特定口座で源泉徴収された所得税の全額の還付を受けることは可能です。

ありがとうございました。1円でも損益通算マイナスになれば全て還付され、1円でもプラスであれば全て来ないと言うことでよろしいでしょうか。

利益が出ている特定口座の所得より、合算した所得が少なくなるようであれば、減少する所得に対応する源泉税が還付されます。

ありがとうございました。ちなみに、プラスになっていても、3年繰り越される金額を相殺した時にマイナスになれば還付を受けられるのでしょうか。
また、繰り越される金額を確認するのは、昨年の申告書の93番の項目で合っていますでしょうか。

過去３年分の繰り越された上場株式等の譲渡損失を控除することにより、申告する年分の上場株式等の譲渡所得が減少すれば、減少した分の所得に対応する源泉税は還付されます。

繰越金額は、前年の以下確定申告書付表の⑪に記載した金額になります。
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/pdf/a008.pdf

詳しくありがとうございました。確認できました。
その繰越金額から今年度の譲渡益を引いても、プラスで出てしまう場合、（例）繰越額20000−譲渡益30000＝＋10000

確定申告をするのは意味がないのでしょうか。それか、プラスでも繰越金額を使える分使って、確定申告した方が良いのでしょうか。

例の場合、プラスでも30000円のうち20000円分の税金は帰ってくるのでしょうか。

確定申告する手間と還付される所得税額の金額を考え、確定申告書を提出するかどうかご検討頂ければと思います。