支払調書について

違反金の分については、売上ではなく雑収入に計上することになると思います。

会計ソフトに入力する際、
借方と貸方に分けて入力しますが、うちの場合貸方に入力するのは総支給額のみで借方には源泉徴収額・車両リース料が入ります。
雑収入に入ると思いますとおっしゃっていますが、
そもそもの報酬明細書の支給欄に「消費税・シャトル報酬・各種給付金(違反金)」とまとめてあり、そのまとまったものが総支給額として表示されています。
なので違反金のみを分けて仕分けすることができないです。
会計ソフト内では違反金も含まれた状態の金額が(例：1,000,000円)収入金額として反映されていますが、支払調書の支払金額には違反金は含まれていない金額(例：990,000円)が載っているので、差が出てているという状態です。(違反金が１万円ほどなので分かりやすく例を100万と９９万にしました)

会計ソフトに入力した総支給額もいじれない、支払調書に違反金が含まれないのは仕方ない、となったとき
確定申告書や青色決算書の特殊事項などにその旨を記載しておくしか方法はないでしょうか？

ちなみに、違反金が発生したときはこちらが立て替えて会社に提出して報酬と一緒に払ってもらったという形になります。

会計ソフトの中で、以下の様な仕訳はできないでしょうか。
(預金)100万円　(売上)99万円
　　　　　　　　(雑収入)1万円

雑収入にしたとしても一年間の合計収入金額は違反金も合わさった金額になりますよね？
確定申告書B第二表の所得の内訳に入力する内容は支払調書をみて入力します。
支払調書に書かれた支払金額は違反金が含まれていない金額になり、会計ソフトの合計収入金額は違反金が含まれた金額になりますから、どうして違うの？と思われないでしょうか？

青色申告決算書の2ページには、各月の売上、雑収入に分かれていますので問題はないと思います。

売上と雑収入とで分けられるんですか！それは知らなかったです、、。
でもたくさんの会社と仕事をしてるわけではなく、１つの仕事しかしていないのに、この雑収入は何？ってならないですか？

金額が少額であれば、特に問題になることはないと思います。

今教えて頂いたようにその月の売上高から違反金分を雑収入で仕分けをし直してみました。
確定申告書B第一表の収入金額等の「事業　営業等ア」の部分の金額が変わっていないのですが、これは雑収入にしたとしても変わらない部分なのでしょうか？

こちらの「事業　営業等ア」の部分の金額と、支払調書に書かれている金額が合っていないと変だと思われないですか？
又、雑収入にした違反金は確定申告書には載らないで「事業　営業等ア」でひとまとめにされるものなのでしょうか？

確定申告書B：第1表:事業 営業等:㋐は、売上と雑収入の合計になります。雑収入も営業等に含まれます。そして、青色申告決算書２ページは、各月の売上(支払調書の金額)と雑収入に分かれています。特に問題はないと思います。なお、確定申告書には、支払調書の添付義務はありません。

とてもわかりやすく説明してくださってありがとうございます。
確定申告書B第二表の所得の内訳の部分に支払調書の内容を記入すると思うのですが、こちらには雑収入にした違反金は書いた方がいいのでしょうか？
又、他に違反金を雑収入として入れましたという旨を書いておいた方がいい箇所はありますか？