住宅購入時の親からの資金提供時の対応について

　親御様からの多額の資金調達において、契約書の作成や銀行振込による返済など、非常に的確な税務対策をすでに計画されていますね。ご提示いただいた条件（契約書の作成、毎月2.5万円の返済、返済完了時の親の年齢が平均寿命内など）をすべて確実に実行していれば、無利息であっても500万円の借入金全体が「贈与」とみなされるリスクは極めて低いと言えます。そのため、無理に0.1〜0.3%の低金利を設定する必要はありません。
ただし、税務署から「利息分（本来支払うべき利息の免除額）」についてのみ、一部指摘を受ける可能性がわずかに残ります。

頭金としての500万円の贈与については「住宅取得等資金の贈与税の非課税特例」を利用するのが最も適しているのではないでしょうか。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4508.htm
この特例の要件を満たしていれば、500万円（省エネ住宅なら1,000万円、一般住宅なら500万円）までの贈与が非課税になります
そのため、まずはこの贈与分の税金をゼロに抑えることができます。ただし、この特例を利用するにあたって、「借入（500万円）」との兼ね合いで絶対に落としてはいけない注意点が3つあります。
1. 贈与分（500万円）は「翌年3月15日」までに全額支払いに充てる
特例のルール上、親から贈与された500万円は、贈与を受けた年の翌年3月15日までに、住宅の取得（建築・購入）の対価として全額支払い（決済）に充てる必要があります。
注意：親からの借入金（500万円）と口座内で混ざってしまい、どちらを先に住宅会社に支払ったかが曖昧になると税務署から指摘を受ける可能性があります。
対策：親からの「贈与分500万円」がいつ口座に入り、いつ住宅会社へ支払われたかが通帳の履歴で一目でわかるように記録を残してください。
2. 翌年の確定申告期間中に「必ず申告」する
この特例は、たとえ税金が0円（非課税枠内）であっても、税務署への確定申告をしないと適用されません。申告を忘れると、特例が使えなくなり、500万円の贈与に対して約50万円の贈与税がいきなり課税されてしまいます。贈与を受けた翌年の2月16日〜3月15日の間に、必要書類（戸籍謄本や登記事項証明書など）を添えて必ず税務署へ申告してください。
3. 借入分（500万円）は「住宅ローン控除」の対象外になる可能性が高い
あなたが自分で銀行から借りる住宅ローン（金利1.2%の予定のもの）は、毎年の「住宅ローン控除（減税）」の対象になります。しかし、親から借りる500万円（金銭消費貸借契約分）は、原則として住宅ローン控除の対象にはできません。銀行ローンの年末残高だけで住宅ローン控除の計算を行うよう、ご自身の資金計画を分けて管理してください。

詳しくご回答くださり誠にありがとうございます。
いただいた注意点に気をつけ対応してまいります。

早々にご対応いただきありがとうございました。

　参考になれば幸いです。よろしくお願いいたします。