借地権の 贈与 、抹消について

ご相談者様が危惧されているように、贈与税課税される可能性は高いと考えます。
借地権は登記をしていなくとも、その借地の上に登記している建物があることにより、第三者に対抗することができます。
逆を返せば、登記された建物がなければ第三者に対抗することができなくなります。
かといって、基本的には建物を取り壊したことにより、直ちに借地権が消滅するわけではありません。(消滅するケースも一部あります。)
この第三者に対抗できなくなることを、不動産屋さんは借地権が無くなると思われているのかもしれません。

今回のようなケースでは、税務署に借地権上にある建物の所有者は変わったけれども、借地権者に変更はないということを知らしめるために「借地権の使用貸借に関する確認書」を提出し、これにより贈与税課税されることを回避できます。
なお、この場合、借地権者は変わらずお父様のままですので、借地契約をご子息様にしていただく必要はございません。
ただ、地主さんとの間での契約書が現状ないということですから、後々のトラブルを回避する意味でも、地主さんと契約書は作成しておいた方がいいでしょう。

国税庁HP: ［手続名］借地権の使用貸借であることの確認手続（借地権の使用貸借に関する確認書）
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/sozoku-zoyo/annai/37.htm

また、税務署は土地と建物の所有者から、借地権があることを容易に推察できるでしょう。
ここで現在あるお父様名義の建物が滅失し、ご子息様名義の建物が新築されたとなれば、借地権の贈与があったのではないか？となるわけです。
そのため、贈与ではないことを税務署へ知らせるのに、上記の確認書を提出するという流れになります。

やはり、そうですか。詳しくご説明頂き、ありがとうございました。