死亡後に口座の残高が変更した場合

分割対象財産は被相続人の「死亡時」の財産が対象となります。このため、死亡後に出金された財産は、相続人が共有財産として出金したこととして取り扱います。
このため、誰がその分を負担するかを分割協議で決めることになります。

遺産分割が決まり、その口座を相続人が相続する時は、死亡日より口座の金額がその分少なくなっていますが、それは何か問題になりますか?

一切問題はない。
相続す不可他の了解など関係なく。
死亡日の金額で、相続する。少なくなった分を引き出した人が負担する。