申告すべき土地が後から出てきた

お兄様がなくなった時点で相続は開始されています。
したがって、分割割合のとおりお母様と義姉様が相続し登記後、売買することになります。
順番としては相続税修正申告納税、相続登記の後、売買ですね。

2人共有として後にお義姉さんの持分をお母さんが買い取るとすると、2人に相続税がかかるうえに、お義姉さんに所得税（譲渡所得）が課税されることになります。それを考えると、この土地をお母さんが全部相続し、その代償としてこの土地の価額の２分の１の金額をお母さんからお義姉さんへ代償分割という形でお金を支払うようにすれば、相続税だけの負担で済むことになります。

「修正申告案が担当税理士から来ています。」
ということから、遺産分割協議書で例えば「その他の財産または新たに見つかった財産は母が1/3、義姉が2/3を取得する。」と記載されている可能性があります。
そうであれば、遺産分割協議をし直し当初の分割割合と異なる分割をしてしまうと贈与税の問題が出ます。
遺産分割協議書の再（追加）作成は注意が必要です。

義姉とで遺産分割協議書通りに分けるようにしたので大丈夫です。ありがとうございます。

そうですね。
よかったです。
ご質問者様は該当しませんが、実態と異なる遺産分割協議書を作成してしまうと節税どころか、脱税とみなされることになります。