事業賃貸店舗の保証金返還について

詳細が分かりませんので、推測を含め参考までに解答してみます。

１．本来ならば、事業を始めた時点で敷金として資産に計上していなけばならなかったのだと思うのですが、このような場合、雑収入として計上するしかないのでしょうか？

　質問からすると、引き継ぎ時に下記の仕訳が必要だと思われます。
　　　敷金（保証金）　　５，０００，０００　　　借入金　　５，０００，０００

　この仕訳がされていないのなら、今年の期首でこの仕訳を追加してください。
　ただ、借入金について返済しているのか？借りたままなのか？等が不明です。

２．返還されなかった400万は滞納家賃と、設備の廃棄等の原状回復費用です。
これは経費として計上できるのでしょうか？

　　保証金が返還された時の仕訳は通常は次のようになります。
　　現金（預金）　１，０００，０００　　　敷金（保証金）　５，０００，０００
　　未払家賃（滞納家賃）　　金額不明
　　雑損失（廃棄費用等）　　金額不明

　　滞納家賃と廃棄費用等の金額が不明です
　　滞納家賃はその滞納時に未払家賃を計上されているのかどうかが不明です
　　廃棄費用等の内容が不明です。

３．以上の状況で消費税課税になるものがあれば、合わせて教えてください。

　　通常の保証金返還取引で、消費税の課税取引になるのは、原状回復費用（仕入控除）と思われます。
　　この度の原状回復費用の詳細が不明ですので、すべてが対象かどうかの判断が出来ません。

　以上、参考にしてみてください。

回答ありがとうございます。
すみません、初めに書き忘れていたのですが、昨年身体を壊してしまい確定申告できなかったので、この度税務署から連絡があり、今月末に昨年分の確定申告をすることになっています。今回帳簿作成しているのは昨年分になります。

保証金ですが、前オーナーが契約期間を待たずに閉店することになり、契約上保証金は返ってこないものだったということもあり、年間で20万返済で利息が3%という借用書を交わしました。
おととしは返済しましたが、帳簿に記帳していません。
昨年は赤字で他社からの借入も返済できなくなり、自己破産申請しまして、現在も免責はまだ降りていません。

保証金ですが、返還額200万から解約日までの滞納している家賃、駐車場料金、電気水道代を差し引いた100万が返還されました。
200万については、契約した当初はスケルトン返しするということだったのですが、こちらの負担を考慮して頂き、当初保証金を決める際に用いた原状回復費用の見積りと、次期賃貸契約まで居抜き可能な状態にするための費用と、私が動けない状態だったので、設備や什器の撤去と、内装修繕費用です。

一昨年までは税理士さんに記帳等全てお任せしていました。
今回日々の売上や仕入等の記帳は出来ていたのですが、このような状況で自分の力では限界を感じ、ご相談させて頂きました。
よろしくお願いします。