高齢母の預かり金を返金する前に　預かっていた兄が先に逝去した場合

銀行記帳のみ

とはお母様の口座からの出金の記帳でしょうか。
それともお兄様の口座への入金の記帳でしょうか。

事実とは異なった現金計上だけをするというのはいかがなものでしょうか。
現金計上と債務計上でプラスマイナスゼロでもかまいませんが、お母様のための預り金なのですから現金計上もせず、債務計上もしないということもアリだと思います。
銀行の通帳の余白に預け金（預り金）とメモ書きしておき、返金時の通帳にも返金の旨をメモ書きしておきます。
あとは、もしも税務署に指摘された場合には事実を主張するしかないですが、この点に関しては税理士に責任を負わせないで、あなたの責任であなたのお考えのとおり申告してはいかがですか。

今更ですが、こうしたリスクを負う可能性があるわけですから、預からなくてもお母様の口座からキャッシュカードで必要な都度出金することができたのではないですか。

早速のご回答ありがとうございました。

ご指摘の通り、必要な都度出金も考えましたが、
母が銀行に行く事も可能で詐欺等の心配もありましたので預かっておりました。

また、銀行記帳のみの件ですが、
母の口座からの出金の記帳も兄の口座への入金の記帳も確認出来ます。

確かに自己責任で母の預かり金として申告する事も考えましたが、やはり税金に関して無知な為
税理士さんの意見で行う事に致しました。
今回相続税について余り話合いの機会を持って下さらなかった事務所の為ご相談させて頂きました。

中田先生の様な方に初めから相談出来れば良かったのですが…。
相続に関して専門の税理士を選ぶ事が如何に大事か再確認致しました。

また、確認させて頂きたいのですが、今回は税理士さんの金額で申告した後に「更生請求申告」を行う事は時間的、金銭的にも無意味でしょうか？

ご自身の申告ですから納得のいく申告をすべきですし、税理士も相続人に何度も確認しながら申告書を作成すべきです。
相続税分野に強い税理士はかなり少ないと言えます。
更正の請求をすることは可能でしょうが、税務署はそれを基に調査を実施する可能性があります。

ご丁寧にお答えくださり有難うございました。感謝いたします。