相続税の土地評価について

土地６０㎡のうち５～８㎡くらいは、将来建て替えの際にセットバックが必要な土地が含まれております、税務署のサイトを見るとセットバック部分は減価できるとあるのですが、この場合、地積はきちんと測量しなければなりませんでしょうか？

そうです。

測量して正確な数字をだすのが望ましいのはもちろん分かりますが、そのために測量費用を５０万円とか払わなければならないとなると費用倒れになる可能性もあるため、例えば現地にてメジャーなどでおおよその平米数をだして固い数字（例えば７㎡程度でも控えめに６㎡で計算など）で申告するという方法は認められるものでしょうか？？

おおよそではなく、自分でしても正確にしてください。
良いと思います。

費用をかけて、測量士に測量を依頼しなければならないわけではないです。
むしろ、一般的には現地確認をしメジャーで計測したり、測量図や公図により机上で評価をする方が一般的です。
ご自身ではなく相続税分野に強い税理士に土地評価、申告書作成を依頼すべきです。

都心の土地であれば既に測量図や関連資料が備わっている可能性が高く、新規に高額な測量費を負担する前に調査すべきです。具体的には、法務局に備え付けの地積測量図、区役所建築指導課の道路幅員証明、過去の建築確認申請図面などが有力な根拠となり得ます。これらを組み合わせて合理的にセットバック部分を算定し、申告書に「既存資料に基づき○㎡を減価対象とした」と明示すれば、税務署からの理解を得やすいでしょう。費用倒れを避けつつ、実務的に安全性を担保するには、まず既存資料の確認が肝要といえます。