空き家の3000万円特別控除について

結論から申し上げますと、ご質問のケースでは「お父様の名義を（お母様を経由せず）直接お子様たちに変更した場合、お父様の持分については特例が使えない可能性が極めて高い」と考えられます。

1. お父様の持分についての要件判定
ご質問の核心： 「父の死亡時、母が存命であったため（あるいは両親とも施設に入所していた場合）、要件を満たさないことになるか？」

回答： はい、要件を満たさないことになります。

この特例を受けるための要件の一つに、「相続開始の直前において、被相続人（亡くなった方）以外に居住していた人がいなかったこと（＝一人暮らしであったこと）」という厳格なルールがあります。

通常のケース（母が在宅）： お父様が亡くなった時点で、共有者であるお母様がその家に住んでいた場合、「被相続人以外の居住者（母）」がいるため、お父様の持分については特例の対象外となります。

両親とも施設に入所していた場合： 「要介護認定を受けて老人ホーム等に入所していた場合」の特例措置（2019年4月1日以降の譲渡に適用）がありますが、これには「被相続人が老人ホーム等に入所をした時から相続の開始の直前まで、被相続人以外の者の居住の用に供されていたことがないこと」という条件がつきます。 お父様とお母様が共有し、共に生活の拠点としていた場合、お父様から見てお母様は「被相続人以外の居住者」に該当します。したがって、両親ともに施設に入っていたとしても、お父様の相続に関しては「同居親族（母）がいた」とみなされ、この要件を満たさないと判断されるのが一般的です。

2. 売却期限（3年経過する日の属する年の12月31日）の解釈について
ご質問の核心： 「父の持分と母の持分で、売却期限は別々に判定されるか？」

回答： はい、その解釈で合っています。

特例の期限は「相続の開始があった日（亡くなった日）」を基準に判定します。数次相続において、それぞれの持分を「父から直接相続」「母から相続」と分けて申告する場合、期限は以下のようになります。

父の持分： 令和2年（2020年）2月1日死亡 → 期限：令和5年（2023年）12月31日まで

母の持分： 令和3年（2021年）3月8日死亡 → 期限：令和6年（2024年）12月31日まで

※ただし、前述の通りお父様の持分についてはそもそも「一人暮らし要件」を満たさないため、期限内に売ったとしても特例が適用できない可能性が高いです。

【重要】特例を最大限活用するための遺産分割の考え方
回答が長くなり、文字数制限で詳しく書けませんが、父の分を母が一旦相続し、１００％を母の相続時に子が取得した形になれば、令和６年末までの譲渡であれば、すべての部分に３０００万円控除が使える余地があると思います。

まとめ
父の持分を直接相続する場合： 父死亡時に母がいたため、父の持分には3000万円控除は使えないと思われます。

期限の解釈： ご質問通りの解釈（父と母で別々の期限）で正しいです。

非常によくわかりました。ありがとうございました。

こちらこそありがとうございます。何かあればご連絡ください。