小規模宅地の特例の適用要件

今検討しているのが分割協議の際に土地は全て父親が相続。
建物は私と弟が2分の1づつ相続しようと思っています。
この場合、父は小規模宅地の特例は使用できますでしょうか？

お父様が土地を相続するのであれば、その土地について小規模宅地等の特例（特定居住用宅地等）は適用できます。お母様の居住用宅地であった土地を配偶者が取得する場合、配偶者には他の親族のような居住継続・保有継続などの個別要件が置かれていません。したがって、建物の所有権をお父様が持たないことによって、小規模宅地等の特例が否定されることにはなりません。

父がそれを不安だという場合は配偶者居住権を登記してあげれば問題ない。
という事でよかったでしょうか？

お父様の「建物を持たないのが不安」という点に対する法的な手当てとして、配偶者居住権の設定・登記は有効かと思います。遺産分割協議書には「建物の所有権を子2人が各2分の1取得する」だけでなく、お父様に配偶者居住権を設定する旨を明記し、登記までつなげるのが実務上は安全です。