完成工事基準

完成せずに引き渡をしていなければ、未成工事支出金(仕掛工事)で処理されて良いと考えます。

>年数が経過している事を理由に完成工事に計上するように指摘されました。

経過年数を理由とする通達等は私の知る限り、聞いた事も見たこもありません。
調査の論点がこれだけでしたら根拠となる税法上の規定を調査管に確認されたら如何でしょうか？

私の視点は全く異なります。
調査官の主張は、ⅰ　なぜ、工事着手からご質問者が請け負われた工事に関して原価が投入されていないのか　ⅱ　工事全体で言えば完成していないのかもしれませんが、ご質問者が請け負われた部分は完成していませんか？
いずれにしても、元請け側は、外注費として原価として損金経理されているにもかかわらず、ご質問者の方では長期に渡り収益として長期にわたり計上がないことに着眼して、直接的に聴取しないものの、他の事象（具体的な記載は避けますが）に着眼していると思料します。
単なる計上の時期であるならば、むしろ、工事を受注した側で具体的かつ明瞭な説明を署側に行い、そのことで問題等になることはないと考えます。