1万円未満のfreeeの仕入れ処理について

ご理解の通りで差し支えありません。インボイス制度では原則、適格請求書がなければ仕入税額控除は認められませんが、一定の場合に「少額特例」が設けられています。具体的には、一取引1万円未満の課税仕入についてはインボイス不要で仕入税額控除が可能です（消費税法施行令49条の8）。今回のケースは一人当たり1,000円で合計3,000円の接待費であり、特例要件を満たしますので、freee上で「適格」チェックを入れたうえで課税仕入10％として処理して問題ありません。実務的にはシステムの仕様上「✓」が必要となりますが、税務上の根拠としては特例規定に基づく控除適用となります。領収書の保存は必須ですので、証憑を確実に残しておけば対応として適正といえます。