キャンセルになった出張申請書の保存

出張申請書を出張申請書としてファイリングされているのであれば、実際には出張が中止となった申請書についても、「キャンセル」「出張中止」などと明記したうえで、他の出張申請書と一緒に保管しておく方法が望ましいと考えます。リスク要因はございません。

税務調査では、支給された旅費等だけでなく、社内の承認手続きや管理状況が適切であるかも確認されます。旅費等の支給も行われなかった経緯が書類上で分かる状態になっていれば、社内管理が適切に行われているとみられ、好印象にとなるでしょう。

　あくまでの私の調査経験から回答しますので、あくまでも「私見」としてください。

キャンセルなどと書いて一緒に保管していた方が調査官の心証的にはいいですか

　⇒　原資資料は破棄しない方が、調査官としては「この会社は原始記録からきちんと保存している」と、認証が良くなると考えます。

＞逆になにかリスク要因になったりするでしょうか？
　⇒　例えば、原始記録の保存内容と帳簿に記載された内容に、不突合や不自然な点があった場合は、その理由を細かく聞かれる可能性があります。
　　　原始記録を保存しその後内容が変わったときには、その事実をきちんと整理して記載する必要があります。
　　　また、あったりなかったりするなどの「原始記録の保管（保存）の統一性」がない場合は、不信感が生じ、その不自然さを調査の時には解明しようとするのが、調査官としての基本といえます。