処理について

収益事業に供していた固定資産（土地・建物等）の売却損益は、収益事業の損益に含め、法人税の課税対象となりますが、例外として、以下のいずれかに該当する場合は、売却損益を収益事業の損益に含めないことができます。（法人性基本通達１５－２－１０）
①相当期間（おおむね10年以上）保有していた固定資産（土地・建物等）の譲渡・除却等による損益
②収益事業の全部又は一部を廃止し、その事業に使用していた固定資産の譲渡・除却等による損益

つまり、①の適用で収益事業の損益としないことができますが、建物については、その建物譲渡により「不動産貸付業」？がなくなる（「不動産貸付業」という収益事業の廃止になる）のであれば②の適用により、これも同様に取り扱うことができます。

なお、仕訳ですが貸借が一致していません。取引内容を示していただければと思います。

土師先生、ご教授ありがとうございます。
仕訳ですが、土地部分4,000,000の間違いでした。
もし含めないのであれば、仕訳はどうなりますでしょうか？

土地代400万円を預り金にするかは、課税されるかどうかではなく、その代金がどの会計に帰属し、他者へ返還・引渡しする義務があるかで検討します。まず土地が収益事業の貸借対照表にない理由と、法人全体の土地台帳・取得価額を確認してください。法人税基本通達15－2－10には、長期保有の固定資産等の処分損益を収益事業の損益に含めない取扱いがありますが、会計上の売却処理とは分けて判断します。同年度の他の処分も含め、売買契約書、土地建物の台帳、区分経理資料をそろえ、具体的な仕訳と申告調整を近隣の税理士へ確認することをお勧めします。

お世話になります。
土地部分を収益事業の損益に含めず、建物部分の譲渡損益だけを収益事業で計上するという考え方は妥当です。また、おおむね10年以上保有していた土地・建物の譲渡損益は、収益事業の所得に含めないことができます（法人税基本通達15-2-10）。

まず仕訳ですが、記載どおりでは借方合計10,100,000円、貸方合計46,100,000円で一致しません。現預金が46,000,000円の誤記であれば整合します。この場合、建物の帳簿価額3,800,000円から期中の減価償却費100,000円を差し引いた額と売却代金との差額が、売却益2,300,000円となります。

土地は収益事業のBSに計上されていないため、非収益事業（一般会計など）の資産として扱い、代金を預り金とする処理で差し支えありません。一般会計へ引き渡す資金だとわかる科目名にしておくと、区分経理（収益事業とそれ以外を分けて経理すること。法人税法施行令6条）の説明がしやすくなります。なお、固定資産税がかかっているかどうかは、収益事業の資産かどうかの判定には影響しません。

次に、10年以上保有の点です。上記通達では、収益事業に属する固定資産の処分損益は原則として収益事業の損益になります。ただし、相当期間（おおむね10年以上）保有した土地・建物・構築物の処分損益や、収益事業を廃止してその事業の固定資産を処分した場合の損益は、益金・損金に算入しないことができるとされています。

土地は既に収益事業外として処理されていますので、問題になるのは建物です。建物も10年以上保有していた場合、または今回の売却で貸付事業を廃止した場合であれば、売却益2,300,000円も除外できます。保有10年未満で事業も継続するのであれば、売却益は収益事業の所得となります。

最後に、消費税の課税事業者であれば、収益事業か否かを問わず、建物の売却代金は課税売上、土地は非課税売上となり、課税売上割合（課税売上が売上全体に占める割合）に影響しますのでご注意ください。

お世話になります。

ご質問に対する回答）
　↓
「相当期間（おおむね10年以上）保有していた不動産」や「収益事業廃止に伴い売却した不動産」の場合は、法人税法基本通達15-2-10の非課税扱い（＝収益事業の損益に含めない）が適用できます。

これは、公益法人等の資産のキャピタルゲインに課税することは制度趣旨に合わないため、長期保有資産については非課税扱いとするという政策的配慮とされています。

ひとつの仕訳例）

現預金　　10,000,000／建物3,800,000
減価償却費 　100,000／預り金6,300,000
　　　　　　　　　　

なお、売却直前まで賃貸していたとしても、長期保有（10年以上）が満たされていれば適用可能というのが、実務の一般的な扱いです。

あと、消費税にも念のためご確認ください。


他の方のアドバイスも参考になさってください。少しでもご参考になりましたら幸いです。

そもそも土地が非収益事業用として取得しており、その上に建物を収益事業用と建築したのであれば、土地の譲渡はそもそも非収益事業分として課税されません。非収益事業の貸借対照表に土地が計上されているのはそのためであると思われます。
ただ、土地の保有期間がおおむね10年以上を超えるのであるため上記通達①により収益事業外として課税対象とはなりませんので、同じ結果となります。
一方、建物の譲渡により収益事業が廃止されるのであれば、上記通達②により収益事業に該当しないことになります。
もし、収益事業付随事業として課税対象となるのであれば、そもそも公益法人は収益事業と非収益事業を区分経理することを求められていますので、土地の譲渡と建物の譲渡はそれぞれ非収益事業と収益事業に区分経理することになります。

そのため、仕訳を言うのであれば、課税対象から除くという考え方ではなく、土地の譲渡益と建物の譲渡益を区別して仕訳することになります。
つまり、土地建物を一括譲渡したものと思われることから、譲渡代金10,000,000円のうち、仮に土地の譲渡代金を5,000,000円、建物の譲渡代金を5,000,000円とすると、
（土地部分）
　現金預金　5,000,000　／　土　地　4,000,000
　　　　　　　　　　　 ／　売却益　1,000,000
（建物部分）
　現金預金　5,000,000　／　建　物　3,800,000
　減価償却費　100,000　／　売却益　1,300,000
という仕訳になります。
なお、譲渡代金10,000,000円が契約で土地・建物に区別されていないのであれば、合理的に区分することになります。

先生方ありがとうございます。
勉強になりました。