合同会社　代表社員の勘定科目に関して

通常役員報酬勘定を使用します。

役員報酬は定期同額給与の取り扱いを受けるため、毎月同じ金額が計上される必要があります。(利益操作を防ぐため)

この点、仮に給与賃金として勘定科目を設定していたとしても、金額が正しく計上され、定期同額給与になっていれば、特段問題ありません。
決算時に振替伝票などで役員報酬に勘定科目を入れ替えれば良いと思います。

なお役員報酬勘定を使用していなかったとしても罰則はありませんが、定期同額給与の条件は満たしている必要がありますので、
定期同額給与に該当しない場合、経費として否認されます。ご留意ください。