インボイス制度において交通費の記載の仕方について

その取引先が面倒なことを言っています。
交通費も税抜きで記載して、
（作業20，000円＋交通費200円）＋消費税他2,020円＝22,220円
が一番すっきりします。
参考にしてください。
交通費別段の書き方もインボイスとして認められますでしょうか？

書かないと認められない、のです。

インボイス1枚につき消費税の端数処理は1回となっています（新消費税法施行令70条の10、インボイス通達3-12）ので、1枚の請求書で同じ税率を別々に記載するとインボイスになりませんから貴方の認識が正しいです。
インボイスと認められないので、請求書を受け取った取引業者が仕入税額控除の制限を受けるので困るのは取引業者です。

　　回答します

請求書に交通費を記載する際に、取引内容の合計の下に別段で税込で書いてほしいと言われました。

　⇒　交通費の取扱いを、取引先にご確認ください。
　　　おそらく「立替金」処理をするための記載方法になります。

　インボイス制度では、仮に「税込経理」の金額を記載した場合であっても、当該金額に対する「消費税額」は記載することになっています。

　また、インボイスには、税率ごとの「合計額（税込み又は税抜き）」の金額を記載することになっています。
　そこで、取引先の『「合計額」の下に別段で記載する』という依頼は、交通費を含めた支給額が貴方の報酬なのではなく、立替えた費用とする認識ではないかと考えますので、取引先にご確認されることをお勧めいたします。

　参考に、国税庁HP掲載の「インボイス関係のQ&A」の一部を参考に添付します。
　「合計額」云々は、1枚目（Ｐ５６）の、記載すべき事項の「④」に該当する箇所になります

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/01-09.pdf