現金主義と発生主義について

仰るように発生主義により記帳しなければなりませんが、過去の申告を修正するのは大変ですので、今期以降を発生主義に是正するしかないと思います。
もし、今期の申告が調査対象となったとしても、経緯を説明すれば税務当局は理解してくれると思います。

ご回答いただきましてありがとうございます。
そうしましたら、今期から発生主義に切り替える際に税務署に計上の変更を伝える流れとなりますでしょうか。それとも伝えずとも現金主義から発生主義に切り替えても大丈夫でしょうか。

今期で3期目を迎え、今期から課税対象事業となります。経費と売上の計上タイミングもずれているので、前期の期末に計上してしまっている経費や仕入れ費用が発生している可能性があります。消費税の算出をする際、ズレが生じていないかが懸念です。

　現金主義から発生主義に変更する場合、計上のズレは必ず発生します。
決算時にそのズレを解消することになりますが、まずはその科目ごとのズレを出してみてください。
なお、計上方法の変更を税務署に伝えるかどうかはそのズレの金額にもよりますが、多ければ事前に相談した方がいいかもしれません。