輸入仕入の在庫

期末棚卸しとして計上する金額は非課税と税込で分けて計上しますか？

→非課税物品があるということですか？それとも輸入品が非課税と考えられているのですか？
消費税が非課税となるのは法律で限定列挙されており、これに該当すれば消費税は非課税なので棚卸資産の取得価額に計上する消費税もありません。
輸入品でも非課税物品でなければ、税関から引き取る時に消費税の納付がありますから、税込経理であれば輸入に伴って税関に支払った消費税は棚卸資産の取得価額に含みます。

お返事ありがとうございます。
申し訳ありません。輸入仕入れを非課税と考えていました。税関に支払った消費税がわからない場合1.1倍にしても問題はないでしょうか？一つ一つ調べないといけないのでしょうか？

輸入消費税の課税標準は単純に支払い金額ではなく端数処理前のCIF価格＋端数処理後の関税の額なので、原則として輸入許可通知書で調べる必要があります。
輸入消費税の仕入税額控除は輸入許可通知書の保存が要件なので、わからないということはない筈です。

書類探してみます！
とても大変な作業になりそうですが、やってみます。とても詳しく教えて頂きありがとうございました。