株式の配当所得における、住民税の申告不要制度について

ご質問の認識でよいと思います。
住民税の誤りは多々あるので、市町村にご確認ください。

住民税の配当所得について申告不要制度を選択された場合には、住民税の納税通知書の配当所得の欄には金額が記載されないと思います。
恐らく総合課税で計算されていると思われます。

なお、住民税の配当所得について申告不要制度を選択する場合には、所得税の確定申告書提出後、住民税の納税通知書が送達されるまでに、配当等について申告不要制度を選択する旨の住民税の申告書を提出することが必要になりますが、それをなさっているということですよね。
それでも総合課税で住民税が計算されてきているのであれば、役所の誤りかと思われます。

住民税の申告不要制度選択については、きちんとした法制度が必要と思います。
ある市町村は、所得税の申告書の余白に、配当所得は住民税の対象としないと記載してもらえれば、大丈夫ですの回答も、電子申告で、別居者の住所欄に記載したところ、住民税申告書の催促がありました。
住民税の欄に、不要選択の記載事項を設けないと、今後も誤りや混乱があるように思います。

富樫様、服部様、早々に丁寧な回答を頂きありがとうございます。
先日自治体の税務課に確認した結果、申請書の確認ミスで総合課税で計算されていました。
直ぐに修正後、通知書を再発行してもらう予定です。
税金の仕組みは少し複雑な所があるので、このようなアドバイスを頂けるのは大変助かります。