フリーランスで住民税を特別徴収してもらうことはできるのか？

源泉所得税であれば受注先で控除はあり得ると思いますが、特別徴収は給与所得者のみになると思います。

フリーランスで特別徴収をして頂くのは無理なのでしょうか？

個人住民税の特別徴収(給与天引き)は、所得税の源泉徴収と同じように事業主(給与支払者)が従業員(納税義務者)に代わって、毎月従業員に支払う給与から個人住民税(個人市町村民税と個人県民税)を天引きして、その従業員に課税した市町村へ納入する制度です。従いまして、雇用契約による給与の支払を受けていなければならないと思います。