年末調整に間に合わず、1月から所得税が増額、確定申告後も所得税が元に戻らない理由は何ですか

国税ＯＢ税理士です。
あなたは、５年分の扶養控除等申告書の変更の届出を勤務先に行いましたか?
行っていなければ、勤務先は、わかりません。

お返事ありがとうございます！2022年の年末調整は会社に何も申告ができていませんが、2023年１月に会社から発行された2022年の源泉徴収票には、例年通り扶養の欄に子供の名前がそれぞれ明記されており、16歳未満の扶養人数も2人と記載されていました。変更箇所がなくても提出が必要ならば、会社に提出してみます！

（年末調整の申告に間に合わなかったのは今回だけですので、もし扶養控除等申告書の変更届が毎年必要であれば今回のみ提出しておりません）

では現在は扶養控除されていないということでしょうか？源泉徴収票に子供達が記載されていたので、扶養控除対象になっていると思っておりました。教えていただきありがとうございます。

普通は、10月くらいに来年分を提出シますが、出していますでしょうか。

西野先生、お返事ありがとうございます！そうなんですね！年末に毎年確認提出しているのは、来年度分というわけだったんですね。それなら来年度分は提出しておりません。早速、週明けに人事部に問い合わせてみようと思います。今から提出したら5月分の給与くらいから、所得税が例年レベルに戻るんでしょうか？戻るといいです。

会社が年末調整を他の機関に委託するようになりアプリで申告となった為、年末調整の締切が11月上旬でしたが1秒でも過ぎたら申告できなくなりました。それがこんな事になるとは、、次回からは締切を間違えないよう十分注意したいと思います。先生ありがとうございます！

もう一つ質問させてください。
今から2023年（５年）分の扶養控除等申告書の変更届を提出したとして、今年の年末に年末調整をしたら今年の１月給与分から払い過ぎた所得税は還ってくるのでしょうか？それとも扶養しているのは、今年は扶養控除等申告書の変更届を出した月からと判断されてしまうのでしょうか？そのあたりおわかりでしたら教えてください。宜しくお願いします。

毎月の額は、今、計算されている内容と変更後の内容が違えば、その月か来月から減額になります。
　年末になり、最後の給与が支給になるときに年末調整として、それまでの減額になっていなかった分が、計算されて戻る感じですね。

安心いたしました。ありがとうございます。大変勉強になりました。西野先生の回答をすべてベストアンサーにしたいです。ですがきっと一つしか選択できないと思いますので、初めに手を差し伸べてくださったということで、今回は最初の回答をベストアンサーにさせていただきます。しかし、その後の回答も含めて納得安心する事ができました。ありがとうございました。