マイクロ法人の社長が個人名義で契約した物件を転貸した場合について

本件、社長個人の住居や法人の事務所として利用としているわけではなく、「大家→社長個人→転貸を受ける別の人」という契約になっているという理解でよいでしょうか？

大家側、転貸を受ける人側の双方で契約をまきなおし、「大家→法人→転貸を受ける別の人」として、法人に利益が残るのであれば問題ないと考えられます。
形式だけで言えば「大家→社長個人→法人→転貸を受ける別の人」でも、個人の確定申告は必要ながら、法人に収入・経費を付けられますが、社長個人が挟まっている合理性がないとされて「行為計算否認」が適用されて個人に収入・経費をつけなおされる可能性があります。

大事なのは書面上と実態が整合していることです。
お気を付けください。