M&A 売り手側個人の確定申告について

はい、修正申告を行うことで、納めすぎた税金の還付を受けることができる可能性があります。
1.非上場株式の譲渡所得は、原則として確定申告が必要です。確定申告不要と誤って認識されていたことが問題の原因です。
2.譲渡所得の計算方法
譲渡所得 = 収入金額（譲渡価額）－（取得費＋譲渡費用）
この場合、300万円から仲介業者手数料200万円、その他経費、設立時の出資金を控除できます。
3.修正申告の可能性
法定申告期限から5年以内であれば、修正申告が可能です。仲介業者手数料やその他の経費を譲渡費用として計上することで、譲渡所得が減少し、納めすぎた税金の還付を受けられる可能性があります。
4.個人の場合、譲渡所得に対して申告分離課税により、所得税（復興特別所得税含む）15.315%と住民税5%の合計20.315%の税率が適用されます。

ご回答ありがとうございました。初めからこちらでご相談していればよかったです。
早速修正申告の手続きをしたいと思います。

修正申告を行うには、国税庁ホームページの「確定申告書等作成コーナー」の「更正の請求書・修正申告書作成コーナー」を利用するか、税務署に直接申請します。
取得費が不明な場合は、譲渡価額の5%を概算取得費として使用できます。
修正申告には期限があるため、できるだけ早く対応することが重要です。

下記もご参考になさってください。
国税庁 タックスアンサーNo.1463「株式等を譲渡したときの課税(申告分離課税)」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1463.htm
国税庁 タックスアンサーNo.2026「確定申告を間違えたとき」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2026.htm

ご丁寧にありがとうございます！
早速この週末、作業してみます。大変助かりました。今後ともよろしくお願いいたします。