交通費ではなくその他課税とし所得税が掛かることについて

永年勤続表彰等の経済的利益のうち下記の様なものは給与課税されませんが、ご質問者の会社の場合には、経済的利益として給与として課税していると思います。
「参考」
〔給与等に係る経済的利益〕
（課税しない経済的利益……永年勤続者の記念品等）
36－21　使用者が永年勤続した役員又は使用人の表彰に当たり、その記念として旅行、観劇等に招待し、又は記念品（現物に代えて支給する金銭は含まない。）を支給することにより当該役員又は使用人が受ける利益で、次に掲げる要件のいずれにも該当するものについては、課税しなくて差し支えない。（昭46直審（所）19改正）

(1)　当該利益の額が、当該役員又は使用人の勤続期間等に照らし、社会通念上相当と認められること。

(2)　当該表彰が、おおむね10年以上の勤続年数の者を対象とし、かつ、2回以上表彰を受ける者については、おおむね5年以上の間隔をおいて行われるものであること。

（課税しない経済的利益……創業記念品等）
36－22　使用者が役員又は使用人に対し創業記念、増資記念、工事完成記念又は合併記念等に際し、その記念として支給する記念品（現物に代えて支給する金銭は含まない。）で、次に掲げる要件のいずれにも該当するものについては、課税しなくて差し支えない。ただし、建築業者、造船業者等が請負工事又は造船の完成等に際し支給するものについては、この限りでない。（昭60直法6－5、直所3－6改正）

(1)　その支給する記念品が社会通念上記念品としてふさわしいものであり、かつ、そのものの価額（処分見込価額により評価した価額）が1万円以下のものであること。

(2)　創業記念のように一定期間ごとに到来する記念に際し支給する記念品については、創業後相当な期間（おおむね5年以上の期間）ごとに支給するものであること。

表彰式の旅費について、会社員であるあなたの旅費が業務上必要な旅費という扱いであれば、会社の旅費規定に基づいて支払われた旅費については非課税扱いになっていると思いますが、家族の旅費は業務上必要な旅費とはならないため、あなたに対する給与として課税されたと思います。
海外旅行について、ご存知とは思いますが、社員全員を対象にした慰安旅行は一般的には非課税扱いです。また、特定の社員のみでも、会社の業務に必要な海外研修旅行であれば非課税です。しかし、一部社員の褒美旅行（観光旅行）は明らかに給与課税の対象になります。会社の処理は正しいと思われますが、事前に説明がなかったのはまずいと思います。参考までに、これは会社側の判断に任せられることですが、グロスアップ計算といって追徴税分をさらに給与に上乗せして、あなたの手取りが減らない方法もあります。