公共事業の特別控除、5000万円が上限なのはなぜなのか？

公共事業であろうと、譲渡には変わりありませんので、本来、所得税が発生するはずなのですが、公共のために、やむをえず譲渡してくれたなどの事情を勘案して、調整のために、５０００万円までは非課税としましょうということになっています。全額非課税にすると、たまたま、公共事業の対象となる土地を大量に持っていたために、巨万の富をしかも『非課税』で手にできてしまい、逆に不公平であるとの配慮もあります。
もっとも、その補償金で他の土地を取得した場合など、税金を払う資力がない場合、「収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例」を用い、譲渡がなかったことにする（今回の譲渡益については、新たに取得した土地などを譲渡したときに課税する）特例もありますので、そちらを使用することになります。そちらは、金額の制限はありません。

巨万の富と言っても元々持っていた土地などを現金に還元するというだけではないんですか？

もともと持っていた土地について、経済成長や人口増加とともに、値段が上昇しております。その上昇については、本来、財産の価値が増えているのですから、課税してもよいところ、課税しないで、譲渡してお金が入ったタイミングで課税し、税金を納める仕組みとなっています。
いままで課税されていなかったものについて、一気に課税されるため、違和感を覚える方もいらっしゃいますが、過去については、納税を猶予されていた、とお考えください。