関係会社株式を売却した時の会計仕訳・税務仕訳

ご質問のケースは、A社（親族会社など）が保有するB社株式を、B社自身が買い取る＝自己株式の取得に該当します。
この場合、会計処理と法人税法上の取扱いが大きく異なるため、それぞれ分けて整理します。

① 会計（企業会計基準）での仕訳
ご提示の仕訳で正しいです。
自己株式取得であっても、売却側（A社）の会計処理は通常の株式売却と同じです。
② 法人税（税務）での取扱い
ここが誤解が生じやすいポイントです。
結論：今回のケースは “みなし配当が発生する取引” であり、売却益のほぼ全額が『みなし配当（受取配当金）』扱いになります。
譲渡価額：1,000
B社株式の資本金等の額（概念上の部分）：100
その差額：900 → みなし配当
よって、税務上は次のように認識します。
（借）現金　1,000
　（貸）受取配当金　1,000
※ この処理は「税務上の帰属金額の調整用」であり、会計とは異なる任意の“税務仕訳”という位置づけです。
③ 受取配当金の益金不算入
親族会社間などでも、持株割合に応じて
受取配当金（みなし配当）は益金不算入が適用されます。
通常の中小法人同士であれば、
配当の50% or 100% が益金不算入
（持株割合・区分による）
④ 税務上の調整（別表四・別表五）
会計と税務の差額を明確にする必要があります。
会計上：売却益 900
税務上：受取配当金 1,000（うちみなし配当900）
調整すべきポイントは以下の2点です。
（１）会計の「売却益 900」を否認（益金不算入）
（税務調整：別表四）
・売却益 900 → 益金不算入（マイナス）
（２）税務上計上した受取配当金1,000を益金計上 → 益金不算入
（税務調整：別表四）
・受取配当金1,000 → 益金算入（プラス）
・受取配当金の益金不算入（▲1,000 or ▲500など）
※ 持株割合により益金不算入割合が異なる点に注意。
（100％子会社なら全額不算入、5％超20％以下なら50％不算入等）

まとめ
最終的な構造は下記の通りです：
【会計】
売却益900を認識
【税務】
譲渡はみなし配当
実務上は配当1,000を認識し、益金不算入で調整
結果として「課税されない」方向になる（持株割合による）
・ご提示の案について
会計仕訳：正しい
税務仕訳：概ね正しい
税務調整：方向性は合っていますが、実務では「受取配当金の益金不算入率」に応じて追加調整が入ります。

ありがとうございます。非常に詳細に教えていただきまして助かりました。