非上場会社の株式評価額

純資産価額方式による株価の計算に用いるのは法人税法の帳簿価額（ご記載の税務上の否認金額を勘案した価額）ですので、税務上の価額が目安になります。

ありがとうございます。会社が保有している株式を第3者（関連会社ではない）へ譲渡する場合ですが、税務上の純資産価格を大きく下回る額で売却すると低額譲渡となり、寄附金扱いになってしまうのでしょうか？低くても第3社間で合意した額＝時価と見做してもよいと考えているのですが、いかがでしょうか？

会社が保有というのは自己株式ですか？
第三者とは法人ですか？
パターンによって異なりますが、第三者間の合意価額が時価であれば税法上の株式価額は形骸化していまいます。
当初のご質問と直接関係しない追加質問は改めてお願いします。

説明不足ですみません。会社が保有している非上場の他社株式を第3者である法人に売却です。

低額譲渡の場合の課税

売主法人
時価で譲渡したものとして時価－取得価額が譲渡益として法人税課税のうえ、時価－譲渡価額が買主法人への寄付金となり寄付金の損金不算入の対象

買主法人
時価－購入価額が売主からの寄付とされ受贈益課税

ありがとうございます。いろいろとすみませんでした。