インボイス２割特例と消費税の支払いについて

2023年に年収1000万円を超えると、通常は消費税課税事業者届出書を提出することになると思うのですが、その場合は2025年から課税事業者として消費税を納めることになるという理解で問題ないでしょうか？

→2025年まで適格請求書発行事業者にならなければ、その通りです。

また既にインボイス登録をして２割特例をした場合は2023年度の売上から消費税を納めることになるのでしょうか？

→2023年10月1日から適格請求書発行事業者になるのであれば2023年10月1日から消費税の申告納税義務は生じます。この場合、2023年10月1日～2023年12月31日と2024年は2割特例が適用できます。（2022年以前の課税売上高が1,000万円以下の前提です。）

もしそうであれば、消費税課税事業者届出書を提出して2025年から簡易課税を選択して５割負担をするのとあまり大きな納税額に変わりがないと思ったのですが、、、

→ご質問の意味がよくわかりませんが、2025年は基準期間（2023年）の課税売上高が1,000万円超であれば2割特例は適用されません。