消費税について

こんにちは。
売上先と仕入先が同じ会社ということで、売上と仕入が相殺された金額が振り込まれているということでしたら、
①売上の仕訳
売掛金×××　　　　　　　　売上×××
②仕入の仕訳
仕入×××　　　　　　　　　買掛金×××
と仕訳した上で、
③入金日
買掛金×××　　　　　　　　売掛金×××
普通預金×××
とするのが一般的な流れとなります。
①の仕訳の際に消費税を受け取り、②の仕訳の際に消費税を支払うことになります。その結果、質問者様の納めるべき消費税額は①の消費税（受け取った消費税）から②の消費税（支払った消費税）を差し引いた金額となります。
これは①と②の仕訳を相殺した場合に納めることとなる消費税額と一致します。
相殺することの一番の問題は、売上金額が小さくなることです。様々の課税上の判定を狂わせることとなるため、純額（相殺した金額のこと）で仕訳をするのではなく総額（相殺する前の金額のこと）で仕訳を切ることが重要となります。
極端な話をすれば、売上１億円、仕入９千万円としたら、入金されるのは相殺後の１千万円となりますが、純額で仕訳をすると、この会社の売上は１千万円となります。これは利益であって売上ではないので正しいとは言えないでしょう。
消費税が絡むと様々な問題を引き起こすことが多々ありますので、ご自身での記帳に不安を感じる場合には、お近くの税理士等に相談されるのが良いでしょう。

ご回答ありがとうございます。
大変分かりやすくためになりました。
また機会がありましたらよろしくお願い致します。