消費税還付は株式会社だけ？合同会社も可能？

消費税の課税事業者なら個人事業者でも還付になります。
申請ではなく、消費税の申告をすることにより還付となると言うことです。(3ヶ月と言うのは課税期間の特例の届け出を提出しているものと考えられます。)
考え方としては、国内の仕入れを行う際に支払った消費税について、国外に輸出等をすると売上に係る消費税は免税となることより、仕入れを行う際に支払った消費税が還付されると言うイメージです。
(例)
国内で商品を100万円で仕入れる。(決済は現金とする。)
仕入 100万円 / 現金 108万円
仮払消費税 8万円 /
当該仕入れた商品を国外に110万円で販売する。(決済は現金とする。)
現金 110万円 / 売上 110万円
この取引によりこの取引の利益は10万円となる。(売上は免税となるため仮受消費税は発生しない。)
その後、消費税の精算仕訳を行う。
還付消費税 8万円/ 仮払消費税 8万円
この処理により、この例題の還付金は8万円となります。
以上が還付となる原因であり、会社の規模や会社組織に関係なく還付になると言うことになります。