軽減税率　期中現金主義

例えば軽減税率対象の商品等の９月分の売上が１０月に入金された場合、消費税の税率をどうするか？というご質問でしょうか？
その場合であっても上記の例は旧税率で計算する必要があると思います。
期中現金主義で期末に発生主義で調整して事業年度の売上などを発生主義ベースに合わせるのはあくまで便宜上の会計処理であって、１０月１日施行日前に行われた資産の譲渡等は旧税率、施行日以降に行われた資産の譲渡等は軽減税率を含む新税率で税務処理をするのが原則です。
なお、軽減税率も旧税率も消費税＋地方消費税は８％で同じですが、内訳が異なりますので申告では分ける必要があります。