新規法人の消費税の事業者について

一年目が6ヶ月で売上が600万超あり、か三年目に課税事業所の届出を出しました。

消費税課税事業者届出書ですか？

一年目の給料が1,000万円超えなければ、課税事業所の届出を出さなくてよかったのを聞きました。

これは間違えています。1年目の課税売上高が1,000万円を超えず、2年目の前半6カ月の課税売上高か給与等の支払額のいずれかが1,000万円を超えなければ、3年目は免税事業者です。

三年目から消費税を払う必要がありますか？

消費税課税事業者届出書を提出してしまっているのであれば税務署は課税事業者として扱うことになりますが、上記の通り3年目が免税事業者であれば税務署に間違えて提出してしまった旨を伝えてください。
その上で、消費税の納税義務者でなくなった旨の届出書の提出を求められるかもしれません。

確認ですが、資本金は1,000万円未満ですか？
また、大企業などの子会社ではありませんか？