仕入輸入消費税が販売消費税を上回った際の処理について

すみません。ご質問の内容が理解できないのですが、輸入消費税でも消費税の税率は消費税7.8%（軽減6.24%）、地方消費税2.2%（軽減1.76%）と法律で定めらていますので、15％というのはレアケースでもあり得ないと思います。

説明が過不足で申し訳ありません。数字を用いて説明します。
商品金額：700万円
評価申告金額：1200万円
の輸入代行である場合、総計消費税は120万円となります。
しかし、当社は非常に単純な会計システムを用いている為、システムでの請求書は700万円＋70万円（税）とはじき出されてしまっています。そのため、この差額(販売消費税(70万円)-仕入消費税(120万円)=▲50万円)は”輸入代行（輸入社が顧客）”の為転嫁請求なのか、はたまた自社の還付処理となるのかというご質問意図でございます。

消費税の問題ではなく貴社と輸入者との間の問題かと思います。
つまり、評価申告金額1200万円で輸入者と合意しているのであれば、1200万円＋輸入消費税120万円＝1320万円が輸入者に請求する金額になるのではないでしょうか。
貴社があくまで代行であれば、輸入貨物の引き取りの当事者はあくまで輸入者になりますので。