消費税免税について

税務署に確認する前にお聞きしたいのは、消費税免税期間（2年間）は最初の店舗も含め、追加される全店舗は全て免税対象となると理解しておりますが、正しいでしょうか？

概ね正しいです。但し、1年目の1～6月（特定期間）の課税売上高も給与等の支払額も1,000万円超となった場合は2年目に課税事業者となります。

個人の場合は組織部門が無いので、各店舗はそれぞれ単独契約と見做されるからでしょうか？

違います。個人であれ法人であれ一つの人格だからです

一方、法人の場合は最初の店舗のみが免税対象で、追加の店舗は課税と聞いていますが、この違いは何ですか？法人組織の部門追加と見做されるからでしょうか？

上記の回答の通り間違えています。一つの法人は一つの人格です。

前田様
ご回答をありがとうございます。
私が契約するコンビニは1-6月売り上げは1000万円を超えますが、人件費は1店舗であれば700万円位です。従って、2年間は免税となります。　2店舗目も同様です。　
と言うことは、2店舗追加の年は給与は合計で1000万円を超えます。　私が知りたいのは、最大給与1000万円と言うのが2店舗合計ならば、免税は最初の1店舗だけとなるのか、あるいは、追加される各店舗別に適用されるのか（この場合は、追加店舗毎に2年間の免税となる）です。

上記は、個人事業主　あるいは法人でも同じであると言うことですか？

法人であれ個人であれ、消費税の課税単位は店舗毎ではなく一法人、一個人です。
一店舗であろうが追加で店舗を出そうが関係ありません。
課税単位が店舗毎という認識がそもそも間違えています。

良く分かりました
どうもありがとうございました