退職所得控除の適用について

ご質問の回答として
貴殿の退職一時金等が一般的な退職所得控除額の計算の対象となる退職所得であるとの前提として説明します。

課税退職所得金額の計算に当たっては、確定拠出年金法に基づく老齢給付金としての一時金と企業からの退職一時金の双方の合計額から、退職所得控除額（37年、端数があれば切り上げ）800万円（20年分）＋70万円×（37年－20年）＝1,990万円を控除し、その金額の2分の1が所得金額となります。

この退職所得控除額は企業を通じて、双方の「退職所得の受給に関する申告書」を提出することにより、それぞれの支給時にその申告書の記入に応じて計算して税額を算出することとなっています。

あくまでも、企業を通じで源泉徴収としての手続きが行われます。
参考にしてください。