株式数比例配分方式を選んでいないと、NISA口座で課税される件に関して

配当金の受け取り方法は次の４つがあります。
①株式数比例配分方式：銘柄に係わらず証券口座に振り込む方式
②登録配当金受領口座方式：銘柄に係わらずすべての配当金（他の証券会社の株式等を含む）を指定口座に振り込む方式
③個別銘柄指定方式：個別の銘柄ごとに振込口座を指定して受取方式
④配当金領収証受領方式：発行会社から郵送される「配当金領収書」をゆうちょ銀行に持参して受け取る方式

ＮＩＳＡとは特定口座の運用した売却益・配当金を非課税にする制度で、１人につき１証券会社等の１口座しか持てません。
上記②～④は複数の口座で配当金を受け取ることができますので、配当金を管理することができません。
このため、配当金を非課税とするためには、ＮＩＳＡ口座に配当金が振り込まれるようにした①株式数比例配分方式を選択する必要があります。

わざわざ国がNISA口座なるものを制度として作ったのに②～④の方式がNISA口座で選べることに違和感があります。なぜNISA口座は①のみに限定しなかったんでしょうか？

特定口座のうちNISAを適用する口座があるという設定になっています。NISA口座というものをわざわざ設定するかどうかは証券会社等の問題だと思われます。

NISA口座は特定口座の内の一つという整理だということですか？

その通りです。ＮＩＳＡ口座＝特定口座ではありません。