海外から日本に永住帰国する際の関税について

ご質問から２０日くらい経って回答がないようですから、簡易回答だけしておきます。
・貴殿のケースは、税務署に直接予約して聞きに行った方が早そうです。
専門家に確定申告を依頼する予定であれば、近くの税理士に申告依頼予約しつつ、仮計算してもらうと良いでしょう。
税務署に質問の際には、給与などのその他の所得、戸籍の状況、住民票の移動、譲渡価額とそれを買った時の価格や諸経費がわかるもの及び売った時の費用、をメモでもいいのでわかるようにしていくと良いと思います。
一般的に、国の定着物である不動産にかかる収入は、その国がまず最初の課税権を持っているような租税条約になっています。ドイツも租税条約がある国です。
売買価額から源泉所得税を引かれているケースと差引かれていないケースとあります。
引かれたとしても、最終的に申告する国での外国税額控除の適用があり整理されて税額算出されます。
日本での譲渡所得に関する所得税は、
譲渡収入－（取得費－減価償却費）－譲渡費用＝譲渡所得
譲渡所得×税率（長期約２０％、短期約３９％）が、税金の目安とされています。
長期は売却した年の１／１現在で所有期間が５年超なのかで判定します。