会社が銀行から借金をしている

最終的には、そうなるでしょう。

倒産というのは法律用語ではないため、状態は様々です。
破産ならば、破産管財人に全ての財産の管理が移り、全ての財産を債権者に分配します。銀行だけではなく、他の債権者も対象です。担保の土地建物は銀行に優先権がありますが、債権額に満たない場合、他の財産も分配の対象になります。
民事再生なら、再生計画に則って処理が決まるでしょう。民事再生ができず、破産に移行する例も多いです。

夜逃げ等だど、銀行も難しい対応になるでしょう。担保の土地建物は債権（銀行から見て）と相殺できますが、金額的に不足する場合、換価できる財産を探さないと対処ができません。
債務者が行方不明ですから、債務者の協力は期待できません。