住宅ローン控除、医療費控除、ふるさと納税の併用時の確定申告について

年末調整の手続きと確定申告の手続きのいずれかによる損得はありません。あくまでも両手続きは、年間所得及び税額を確定・精算する手続きですので、内容が同じであれば差異は出ません。あえて言うのであれば、年末調整手続きの方が早い（12月中）ので還付金がある場合には、還付金の一部が早く返ってくることです。

質問者様もご存知でしょうが、医療費控除は年末調整ではできませんので、医療費控除額による還付がある場合には、確定申告が必要です。
一般的に会社員の場合は、年末調整をしたうえで必要に応じて確定申告をしています。そうすることによって年末調整が行われた部分については、すべて「給与所得の源泉徴収票」の中に表現されていますので、確定申告時に「給与所得の源泉徴収票」とその確定申告することとなった部分の資料のみですることができ簡単です。
以上、誤解なきようご理解ください。

ご回答ありがとうございます。会社による年末調整の上で医療費控除のみ確定申告を行いたいと思います。

また今回の場合、住宅ローン控除、医療費控除、ふるさと納税すべてが関わってきますが、金額から見て控除しきれないということはございますでしょうか。実際還付金がないのであれば、確定申告をおこなう必要がないと考えております。
追加の質問となり恐縮ですが、ご回答いただければ幸いです。

前回の回答の中で、ふるさと納税について触れませんでしたので付記しますと、ワンストップ特例申請をしていれば確定申告の必要はありませんが、ワンストップ特例申請をしていない場合やワンストップ特例申請をしていても寄付先の地方団体が6ヶ所以上の場合には確定申告の必要があります。前回は「医療費控除は年末調整できません」と記しましたが、ふるさと納税も年末調整はできませんのでご留意ください。

そこで、質問者様のご提示いただいた数値により計算すると国税たる所得税は、年末調整により税額がゼロになります。しかし、確定申告により医療費控除および寄付金控除をすることにより、課税所得の減少と住宅ローン控除の控除不足額の再計算により住民税額の負担が約10万円くらい減るものと思われます。（概算計算ですので責任は持てませんので悪しからず）
以上、誤解なきようご理解ください。

ご回答ありがとうございます。ワンストップ特例申請をしており、寄付先の地方団体が6ヶ所未満ですので問題ないと考えております。また概算値についても参考とさせていただきます。どうもありがとうございました。