個人事業主　トイレの経費

ご質問の回答ですが、
居宅兼店舗にかかる修繕費は、事業の遂行上必要である部分を明らかに区分することができる場合には、その必要である部分に相当する金額を必要経費に算入できることとなっています。
貴殿の記した状況から、そのトイレの使用は業務の遂行時にも顧客等も使用することもあり、その部分の算定には自宅全体の床面積から事業用事務所の床面積の割合で案分計算することで、必要経費にすることでいいのではないでしょうか。
この合理的な按分を他の方法があればその根拠を明らかにしておけばよろしいでしょう。
ご参考にしてください。