Freee青色申告の事業主貸取引について

銀行口座との同期はされてますか？

同期していますが、過去1か月分しか同期できず、先月同期し始めたばかりなので9月分からしかありません。

銀行口座からの入出金を管理しているので、まとめて登録するのはよくないです。
また、無視するのも残高がずれてしまうので、「プライベートの収支として登録」そして処理します。
その際、複数の取引をまとめて処理できます。

取引は登録している実際の銀行ではなくプライベート資金での登録の方が良いという事でしょうか。8月以前の分が同期できないので、それらは手動での登録という事でよろしいでしょうか。また、Paypal等の決済サービスでプライベートな支出があった場合も、そのサービスを登録せずにプライベート資金として処理するのでしょうか。

プライベートと事業が混在すると残高が一致せず、後処理が大変です。
銀行口座からの入出金を管理するのでしたら、プライベート用と別の口座にする方が良いです。
混在する場合は、プライベート資金で処理した方がよろしいです。

銀行とは別の決済サービスで100件程プライベートな支出があり、そちらは既に全て登録して残高が一致しているのですがこちらも全てプライベート資金に変更した方がよろしいでしょうか。また、その決済サービスから銀行へ資金の移動があり、そちらは口座振替で登録していますがこちらも変更するべきでしょうか。

残高が一致しているものは、そのままでよろしいです。
銀行側の取引を登録すると二重で登録されますので、銀行側の取引を無視してください。