青色申告での、株式譲渡益の源泉徴収税額還付

そもそも論ですが、株式の譲渡益は、申告するなら申告分離課税です。
配当のように総合課税にはできません。
配当は、配当控除があり、源泉も引かれています。
総合課税の税率が低ければ、還付もあります。

株式譲渡益は、譲渡益の額に本来の税率を乗じた金額が源泉徴収されています。（特定口座源泉有りの場合）
なので、特定口座を複数の証券会社でやっており、片方が赤字、片方が黒字、損失の繰越控除がある、基礎控除などの所得控除が、事業所得等から引ききれないなどの事情がない限り、申告しても、還付になりませんし、納付もないです。

国民健康保険は、株式譲渡益でも申告すると、保険料の計算の基礎に入りますから、保険料は高くなります。ご注意ください。

ご回答ありがとうございます。
なるほど、分離課税ということは、税率は事業所得にかかわらず一定（約２０%）という理解でよろしいでしょうか。単に損失と差し引きして、課税対象となる額を下げるだけ、と。
ご確認よろしくお願いいたします。

読みたいように読んでいますね。

損失と差し引きして、課税対象を下げることもいいましたが、他に基礎控除などの所得控除が、事業所得等から引き切れない場合も指摘しました。なので、損失と差し引きするだけでは有りませんよ。
あなたには関係無いのかもしれませんが、当方としては正確に伝わって欲しいと思いました。