開業freeeにて開業届けを出したのですがこちらは青色申告も同時に申請されたのでしょうか？

ご記載の通りであれば申請書の提出は完了しているのでしょう。
会計ソフトが勝手に申請するとは思えませんが、わかりません。
freeeに直接ご確認いただいた方がよろしいかと思います。

国税の識別番号、パスワードは取得していますか。マイナンバーカード、カードリーダーなどはそろえていますか。そのうえでfreeeの開業ソフトを利用しましたか。それなら「e tax （Web版）」で申請が税務署に届いているか自分で確認できます。このソフトはよく使うので自分で確認するといいです。ログイン画面から上記情報、器具だけで提出情報の確認ができます。

E-taxのサイトにて確認できました！
ありがとうございます。