現金主義から発生主義

その際に届け出をしないいけないということを知らずに55万円の控除を受けているのですが、何かペナルティはありますでしょうか？


税務署のほうで、わかった時にさかのぼって、控除の金額を訂正するようになります。
税金が増えます。

今回の確定申告で届け出を出せば問題ないのでしょうか？

昨年の12月末までに届け出る必要があります。
今だと、来年の申告からです。

出さなくても平気なのでしょうか？


上記記載。

また、所得が見直され支払う税金が変わったりしますか？


控除が少なくなれば、税金は増えます。

丁寧に対応してくださったのに書類の勘違いをしてまして、簡易簿記から複式簿記に変更した場合でした。
調べると問題なさそうでしたが、複式簿記が難しく簡易簿記にまた戻したりしても平気なのでしょうか。その場合、提出書類が減り控除額も10万円に戻るということで間違いないですか？

簡易簿記から複式簿記に誘導できるのなら、
結果複式簿記と同じ効果を、導き出せるなら、良いと考えます。
簡易簿記から、損益計算書と貸借対照表を、作成できるなら、良いと考えます。
近くの税理士さんを見つけて、少しお金を支払っても、安心できるなら・・・
10万円から65万円に控除がなります。
竹中だったら、そうします。
検討したらどうでしょうか？

申告会場だと、ご時世もあり、時間をかけて対応してもらうのはなかなか難しいですしね…
早めに準備をして検討したいと思います。
拙い質問にお答えいただきありがとうございました！