社会保険の扶養と配偶者控除について

所得税の扶養要件の58万円の所得というのは、申告書に記載される所得のことですので、当然青色申告特別控除を控除した後の金額になります。
申告書に記載される所得金額を使って、健康保険や住民税の算定根拠になります。
ですから、e-Taxを使用して65万円の青色申告特別控除を適用したほうが、所得金額が10万円低くなります。

【税務上の扶養】
　税務上の扶養等の所得要件は、「合計所得金額58万円以下」となっていますので、個人事業者で青色申告の場合は青色申告特別控除額を控除した金額で判断します。
　e-Taxで申告をした場合は当該青色申告特別控除額が65万円となりますので、e-Taxで申告をされた方が扶養等に入る可能性が高くなります。
　なお、配偶者の場合は扶養（配偶者控除の対象）から外れた場合であってもすぐに控除額が0円になるのではなく、配偶者特別控除額が配偶者の所得に応じて控除を受けることができます。

【社会保険上の扶養】
　社会保険に関しては、社会保険労務士先生のお仕事の範疇であるため、明確な回答はできず一般的な説明だけさせていただきます。

　社会保険上の扶養は「今後130万円を超える収入」が見込まれるか否かで扶養となるか否かが判断されます。

　所得税と違い、社会保険では「今後」の収入の見込みにより、該当することになったその月以降から扶養の適否が判断される点にあります。
　※新卒、就職者などが3月までは親御様の扶養に入り、4月からは外れるなどのケースが、良い例です。

　そのため、社会保険に関しては給与の場合は月額108,333円を超えると扶養から外れることになると聞いています。（所得税法上非課税の通勤費なども含まれます）
　個人事業者の場合は税務上とは違い、収入から「直接経費」を控除した額が、今後年間130万円を超える見込みであるかにより判断されるため、年ベースで超える見込みとなるかを、月ベースに置き換えて計算していくと聞いています。
　なお、直接経費には人件費や家賃などが該当し、減価償却費や青色申告特別控除などは含まれないと言われています。
　
　ただし、先に申し上げまたとおり、社会保険関係については税理士では明確な判断ができませんので、大変申し訳ございませんが、詳細は、ご主人の会社で加入している社会保険組合の窓口でご確認ください。