年末調整後に知った配偶者特別控除を確定申告

年末調整で配偶者特別控除の適用を受けず、確定申告で申告するのならば、一般的には、還付申告になると考えます。
もう一度、よく確認されたら良いと考えます。

お忙しい中、早速の回答ありがとうございます。
もう一度入力画面を見直して見ました。
思い当たるところは、配偶者特別控除を追加する場合は、年末調整ですでに扶養を2名申告していても、再度、扶養控除のところに扶養者の入力を行うのではないかとおもいました。
正しいでしょうか？

入力データとして、給与収入、所得控除、源泉徴収所得税は、入力する必要はあると考えます。
所得控除額が正しく入力されているか確認して下さい。

度々の回答ありがとうございます。
入力画面の案内に従い給与収入、所得控除、源泉徴収所得税等を入力。
配偶者のみを入力すると控除額合計がが200万程度となり、八万円が徴収となりました。
配偶者と扶養２名を入力すると控除額が270万程度になり七万円程度の還付となりました。

正しく計算されていると思いますが、
給与収入、給与所得控除後の金額、所得控除の合計額、源泉徴収税額を確認されたら良いと考えます。